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La cooperación con El Salvador se rige por el Marco de Asociación País  El Salvador-España 2023-2026, que prioriza el desarrollo económico, la educación, la igualdad de género, el acceso al agua y saneamiento y la gobernabilidad democrática.

​El Salvador forma parte de los Países de Asociación de Renta Media y evoluciona en varias áreas de desarrollo humano. Sin embargo, aún presenta problemas derivados del cambio climático, la falta de oportunidades de trabajo y la desigualdad, que repercuten en el acceso a agua potable y saneamiento, el riesgo ante desastres, la violencia, la inseguridad alimentaria y la emigración de una población mayoritariamente joven.

Los desastres medioambientales, cada vez más frecuentes, afectan a la salud, las condiciones de habitabilidad y posibilidades de desarrollo de su población. En este sentido, la Cooperación Española ayuda a minimizar los impactos del cambio climático mejorando el acceso al agua potable y saneamiento y el desarrollo territorial, y dando una respuesta humanitaria rápida ante situaciones de emergencia.

Gran parte de las acciones de la Cooperación Española con El Salvador se enmarcan en el Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento (FCAS), el Fondo de Promoción del Desarrollo (FONPRODE) y, en el ámbito centroamericano, el Fondo España-SICA. 

La Estrategia de Acción Humanitaria de la Cooperación Española incorpora en sus intervenciones los enfoques transversales de derechos; género, edad y diversidad; preventivo y de reducción del riesgo de desastres e informado del riesgo; de resiliencia; de acción sin daño y sensibilidad al conflicto, el enfoque ambiental, e intervenciones de protección y mejora de las capacidades y resiliencia de los desplazados internos y en riesgo de desplazamiento en El Salvador en un marco regional de cooperación.