Las Organizaciones No Gubernamentales de Desarrollo (ONGD) ocupan un lugar muy destacado en el sistema español de cooperación como organizaciones privadas sin ánimo de lucro a través de las cuales se canaliza buena aparte de la AOD española, no sólo de AECID sino también de otras administraciones públicas españolas, en particular las Comunidades Autónomas. La forma más habitual de trabajar es mediante la ejecución de proyectos, los que habitualmente se realizan en estrecha colaboración con organizaciones sociedad civil u ONGD hondureñas, lo que les permite llegar a organizaciones y asociaciones de base de prácticamente todo el país.
En la actualidad en Honduras hay 15 ONGD españolas que cuentan con representación permanente en el país, aunque hay algunas más con intervenciones en ejecución en el país ya sea con financiamiento público, privado o recursos propios. Diez de ellas se agrupan en la Coordinadora de ONGD Españolas en Honduras (CONGDEH).
La OCE de AECID en Honduras, mantiene una estrecha y fluida relación con las ONGD Españolas con presencia en el país, entre otras modalidades a través de las reuniones bimestrales de actores españoles en las que se promueve un continuo flujo de información entre las partes.
