Los presupuestos del Fondo, en la actualidad se nutren con reembolsos de programas no ejecutados y nuevas financiaciones de cooperación delegada o cooperación reembolsable y se centran en varias líneas estratégicas:
- Acciones complementarias que potencien la sostenibilidad de los programas de agua y saneamiento de los programas ya realizados o en ejecución.
- Intervenciones estratégicas en los ámbitos de la planificación hídrica, la gestión por cuencas o el modelo de confederaciones hidrográficas, el apoyo a la planificación estratégica del sector a través de cooperaciones técnicas y el apoyo a la gestión de servicios de agua y saneamiento.
- Programas de gobernanza y alianzas con la cooperación delegada de la Unión Europea, cooperación reembolsable, operaciones de fondos contravalor y cooperación técnica, dirigida a mejorar la vida de poblaciones vulnerables.
- Apoyo a programas innovadores que pongan acento en las líneas de valor estratégico para los países que puedan ser replicables.
Para presentar algún nuevo proyecto las entidades beneficiarias deben ponerse en contacto con la Oficina Técnica de Cooperación de la AECID en el país correspondiente.