Las líneas de actuación del Fondo de Cooperación para Agua y Saneamiento son:
- Acceso sostenible a servicios de agua potable
- Acceso sostenible a servicios básicos de saneamiento
- Gobernanza del sector y fortalecimiento de políticas y marcos institucionales, que favorezcan la participación en la gestión del agua
- Fortalecimiento de la gestión integral del recurso hídrico
